Superagenten Ethan Hunt (Tom Cruise) og hans kolleger fra IMF-bureauet kommer under angreb fra Syndikatet - en hemmelig organisation af frafaldne agenter, der vil udrydde IMF. Ethan Hunt ender på flugt fra sine tidligere arbejdsgivere, og må på en gang både rense sit navn, sætte Syndikatet ud af spillet og redde stumperne af IMF.